Nazaré Paulista tem suas origens na construção da primitiva capela de Nossa Senhora de Nazaré, em Atibaia, efetuada em 1676 por Matias Lopes, fundador do povoado. Nazaré Paulista foi elevada à categoria de Freguesia e, posteriormente, em 10 de junho de 1850, pela lei nº 15, à categoria de Vila. Essa lei foi promulgada por Vicente Pires da Mota, presidente da Província de São Paulo, sendo a Vila formada com suas próprias terras e da Freguesia de Santo Antônio da Cachoeira, hoje Piracaia, desmembrada da Vila de Atibaia.
Em 1886, seu território foi acrescido de terras desmembradas de Conceição de Guarulhos, hoje Guarulhos. Mais tarde foram efetuadas trocas de terras com os municípios de Atibaia, Piracaia, Santa Isabel e Juqueri, hoje Mairiporã.
Em 10 de dezembro de 1906, pela lei nº 1038, a Vila de Nazaré foi elevada à Cidade. Em 30 de novembro de 1944, o Decreto-lei nº 14334 deu-lhe a denominação de Nazaré Paulista.
Em 1916, foi incorporado o Distrito de Ajuritiba, ex-Perdões. Recebeu este nome pela Lei nº 233, de 24 de dezembro de 1948.
Em 24 de março de 1959, pela Lei nº 12, Piracaia foi desmembrada do território de Nazaré Paulista.
Bom Jesus dos Perdões era Distrito de Paz quando foi elevado à condição de Município, desmembrando-se de Nazaré Paulista, em 18 de fevereiro de 1959, pela Lei nº 5285.

Origem do Nome

O município deve seu nome à construção da primeira capela de Nossa Senhora de Nazaré.